公司从创办初期就决策采取“横向联合，强强联手”的经营策略，在强化自身技术团队的同时，坚持走产学研结合之路。公司和南京大学、中国药科大学、中国科学院上海有机化学研究所、南京理工大学，江苏省药物研究所都有长期合作关系，同上海东华大学、南京工业大学、北京大学药学院有联合实验室。南京双科的客户遍布全国各地，新建客户群主要有上海医药集团上海信谊天平药业、广药集团广州光华制药、中国医药集团上海现代制药、瑞年集团江苏前进制药、岜山集团淄博万杰制药、浙江医药、先声药业、正大清江制药、长江药业、通用三洋药业、威特药业、南京制药、罗欣药业、科伦药业等众多知名企业集团和上市公司。公司目前已成为国内同行业中处于领先地位的药物研发外包服务商，可为合作伙伴提供从药物发现、研究、注册、临床等业务。